大本の原作が「Fate/stay night」だということで何も予備知識なしで見ていると途中からとんでもなく混乱する作品でした。舞台は地球上でなく虚構世界でサーヴァントだけでなくマスターも敗れると消滅する。
時は3020年、月海原学園に通う岸浪ハクノは毎日の生活の中にふとしたことから違和感を感じる。自分に過去の記憶が欠落していることから焦るハクノが親友と認識していた間桐シンジから刃物で刺されたことから、生きることへの執着、絶対に諦めないという激しい感情から、眠っていたセイバーを召還し契約することで救われる。
学園生活は「ムーンセル・オートマトン」が作り出した霊子虚構世界「SE.RA.PH」で「ムーンセル」がふさわしい担い手を選ぶための「聖杯戦争」の予選だった。ハクノは記憶の戻らないまま、願望のないまま次のステージへ昇るラダーに乗り込む。
第一階層では間桐シンジ、第二階層ではダン・ブラック・モア、を破り、第三階層ではありすに不戦勝する。リンとラニの協力を受けつつ第四階層を突破、第五階層ではユリウス・ベルキスク・ハーウェイを破り、第六階層へ進む。
ところが第六階層のフロアマスターはリンとラニだった。かつてここで争った二人はムーンセルが勝者を判定できないまま永遠の眠りに就いていた。ハクノの決定で一方を選べばもう一方は消える---ここで両方を救いたいと願ったハクノだったが、ラニは消滅してしまう。
いよいよ第七階層、下から新たなマスターが上がって来るのを待って眠っていた西欧財閥の次期当主レオナルド・ビスタリオ・ハーウェイはサーヴァント・ガウェインに起こされる。宝具を解放したセイバーはガヴェインを退け、勝者となる。人類滅亡を回避するため、ハクノ、セイバー、リンそれからレオはムーンセルの中枢で待ち構えていたトワイス・H・ピースマンと対峙する。トワイスは人類の発展のために聖杯の力を用いて戦争を起こす事が不可欠だと説き、ハクノにその代行を託そうとするがハクノはかつての白野と同様に拒否する。ハクノとトワイスの間で最後の戦いが繰り広げられ、トワイスを倒したハクノはムーンセルに接続して人類滅亡は回避され、セイバーともども静かに消えてゆく。(エピローグではリンの姿が映し出される)
