◎オープニングテーマ
【第1期】
○「BRAND NEW STORY」（第1話～第14話）
作詞 / 藤林聖子、作曲 / 渡辺徹、編曲 / 江口亮、歌 / 東京パフォーマンスドール
○「故に、摩天楼」（第15話～第25話）
作詞・作曲・編曲 / ミヤ、歌 / MUCC
【第2期】
○「四銃士」（第26話～第37話、SP）
クラシック「パガニーニの主題による狂詩曲」を原曲としているだけに、異色のメロディ。非常に変わったアニメ主題歌という感じを受ける。
作詞 / Satomi、作曲 / S・ラフマニノフ、西本智実、編曲 / 西本智実、倉内達矢、歌 / NEWS
○「TRAGEDY」（第38話～第47話）
作詞 / FOREST YOUNG、作曲 / Shunsuke Harada・TKMZ、編曲 / Shunsuke Harada、歌 / KAT-TUN
◎エンディングテーマ
【第1期】
○「パスコード4854」（第1話～第14話）
安田レイの歌う最初のエンディング。流石の歌唱力で４曲のエンディングの中では異彩を放つ。
作詞 / Yuta Yoneyama・玉井健二、作曲 / 矢田亨、編曲 / 玉井健二・釣俊輔、歌 / 安田レイ
○「スタートライン」（第15話～第25話）
作詞・作曲 / MICHIRU、編曲 / シライシ紗トリ、歌 - 7!!
【第2期】
○「瞳の奥の銀河」（第26話～第37話、SP）
作詞 / 小竹正人、作曲 / 前迫潤哉・RUSH EYE・春川仁志、編曲 / RUSH EYE・春川仁志、歌 / Flower
○「決意の翼」（第38話～第47話）
作詞 / 斎藤仁久、作・編曲 / 斎藤仁久・小高光太郎、歌 / 暁月凛
★サブタイトル
サブタイトルの形式は前作を踏襲です。
【第1期】
1 「香港九龍財宝殺人事件」File.1
2 「香港九龍財宝殺人事件」File.2
3 「香港九龍財宝殺人事件」File.3
4 「香港九龍財宝殺人事件」File.4
5 「速水玲香と招かれざる客」
6 「錬金術殺人事件」File.1
7 「錬金術殺人事件」File.2
8 「錬金術殺人事件」File.3
9 「錬金術殺人事件」File.4
10 「獄門塾殺人事件」File.1
11 「獄門塾殺人事件」File.2
12 「獄門塾殺人事件」File.3
13 「獄門塾殺人事件」File.4
14 「獄門塾殺人事件」File.5
15 「高度一万メートルの殺人」File.1
16 「高度一万メートルの殺人」File.2
17 「キャンプ場の“怪”事件」
18 「飛込プールの悪霊」
19 「剣持警部の殺人」File.1
20 「剣持警部の殺人」File.2
21 「剣持警部の殺人」File.3
22 「剣持警部の殺人」File.4
23 「ゲームの館殺人事件」File.1
24 「ゲームの館殺人事件」File.2
25 「ゲームの館殺人事件」File.3
【第2期】
26（1） 「金田一少年の決死行」File.1
27（2） 「金田一少年の決死行」File.2
28（3） 「金田一少年の決死行」File.3
29（4） 「金田一少年の決死行」File.4
30（5） 「血溜之間殺人事件」File.1
31（6） 「血溜之間殺人事件」File.2
32（7） 「薔薇十字館殺人事件」File.1
33（8） 「薔薇十字館殺人事件」File.2
34（9） 「薔薇十字館殺人事件」File.3
35（10） 「薔薇十字館殺人事件」File.4
36（11） 「薔薇十字館殺人事件」File.5
37（12） 「午前4時40分の銃声」
SP 「明智警部の事件簿」
38（13） 「雪鬼伝説殺人事件」File.1
39（14） 「雪鬼伝説殺人事件」File.2
40（15） 「雪鬼伝説殺人事件」File.3
41（16） 「雪鬼伝説殺人事件」File.4
42（17） 「女医の奇妙な企み」
43（18） 「消えた金メダルの謎」
44（19） 「狐火流し殺人事件」File.1
45（20） 「狐火流し殺人事件」File.2
46（21） 「狐火流し殺人事件」File.3
47（22） 「狐火流し殺人事件」File.4
