
舞台はCase.1の後。ある日、厚生省公安局刑事課一係の監視官補佐として、外務省より花城フレデリカが出向してくる。フレデリカはテレビシリーズの第3期で外務省行動課長として活躍するわけだが、本作ではその行動課に一係の執行官であった須郷徹平を「あなたはこんなところにいるような人間ではない」とスカウトする。そこから、テレビシリーズ1期よりも前、2112年の国防軍所属時代の須郷の過去が描かれる。本作のサブタイトル「First Guardian」は、国防軍時代の須郷のコールサイン。
2112年夏、東京の国防省のビルを武装ドローンが襲撃する事件が発生する。東京から公安局刑事課二係監視官・青柳瑠彩と一係の執行官・征陸智己が捜査のため名護基地を訪れる。須郷はかつて参加した「フットスタンプ作戦」で支援していた先輩・大友逸樹の陸戦部隊を命令で支援物資を投下しただけで見捨てた状態で帰還していた。軍上層部は大友部隊は最初から捨て駒で、須郷が投下したものは実は支援物資でなく化学兵器だった。軍によってその事実は隠蔽されていたが、須郷の訓練学校の同期で大友の妻であった大友燐(元軍事ドローンオペレーター)はその事実を知り、作戦を指示した軍上層部に復讐するため国防省ビルを襲撃していた。作戦のオブザーバーであった吹田参事官は死亡したが、司令官であった高須大佐は重傷。港屋中将を狙った燐は射殺されるが、逃亡を計った港屋は征陸に執行され死亡する。
本作では主軸のストーリーに執行官・征陸智己とその元妻、宜野座監視官の当時の様子エピソードが挿入されている。
★キャラクター&キャスト
〇須郷徹平 / 東地宏樹
国防軍第15統合任務部隊大尉。コールサインは「ファースト・ガーディアン」。若手ナンバーワンと言われた航空ドローンの操縦士。国防陸軍訓練学校出身で大友燐とは同期生。国防省ビル襲撃の容疑者となったが、捜査に協力。後に公安局刑事課執行官となる。
○花城フレデリカ / 本田貴子
外務省行動課・特別補佐官、金髪の女性。本作で省庁間人事交流により厚生省公安局刑事課一係の監視官補佐として出向してきた。須郷を外務省で計画中の部隊にスカウトするが振られる。
○大友逸樹(おおともいつき)/ てらそままさき
国防軍第15統合任務部隊大佐。コールサインは「オスカー」。「フットスタンプ作戦」に参加、行方不明、実質上の戦死。
○大友燐(おおともりん)/ 大原さやか
国防軍第15統合任務部隊・ドローン部隊オペレーター。大友逸樹の妻であり、須郷鉄平とは訓練学校からの同期。夫の死後、「フットスタンプ作戦」の内容を知り、国防省の関係者に復讐のため、ドローンによる襲撃を実行する。最後に港屋襲撃を計るが、それを察知され逆に銃殺される。

○港屋門人(みなとやもんと)/ 廣田行生
国防軍第15旅団・団長、統合任務部隊隊長、中将。高江洲と共に「フットスタンプ」作戦の指揮を執る。基地に潜入した大友燐により射殺される。
○高江洲嘉人(たかえすよしと)/ 土師孝也
国防軍統合参謀本部・作戦監視官、大佐。「フットスタンプ作戦」の指揮を執る。国防省ビル襲撃テロにより重傷を負う。大友燐を射殺した後、逃亡を企てるが征陸に執行される。
○吹田恭慶(ふきたきょうけい)/ 高坂宙
外務省海外調査局参事官。「フットスタンプ作戦」にオブザーバーとして参加した。国防省ビルにつづき、出島が襲撃された際に銃弾を浴びて死亡する。
★主題歌○abnormalize - Remixed by 中野雅之(PSYCHO-PASS SS OP ver.)(オープニング)
Case.1に引き続きテレビシリーズ第1期前半のオープニングを再編曲して使用。テレビシリーズとはまた違った雰囲気をかもし出している。作詞・作曲はTK、編曲は中野雅之、歌は凛として時雨凛として時雨。
○All Alone With You - Remixed by 中野雅之 (PSYCHO-PASS SS ver.) (エンディング)
こちらもCase.1に引き続きテレビシリーズ第1期の後半のエンディングの中野バージョンを使用。作詞・作曲:ryo、編曲:中野雅之、歌はEGOIST。劇場版にピッタリの編曲が素晴らしい。