大半のキャラクターは前作と同じだが、キャストは入れ代わっている者も多いので再掲した。まずはメインキャラクターから。
〇霞拳志郎（かすみけんしろう） / 山寺宏一
本作の主人公。第62代北斗神拳伝承者。前作では犬並みの嗅覚を活かしたエピソードもあったが本作では「くせえなぁ」と文句をタレルにとどまる。「?已經死了（ニイイチンスラ）…お前はもう死んでいる」、「北斗の文句は俺に言え!」が決め台詞。兄弟子であった霞拳心により秘孔「新血愁」を突かれ、義弟羅門に秘孔「心霊台」を突かせて延命の末、拳心を倒す。最期は砂漠の上で死す。
〇潘玉玲（はんぎょくれい）/ 冬馬由美
潘光琳の妹。拳志郎の妻。光琳の死後は「青幇」の総帥。拳志郎の宿命を受け入れ見守る。物語の最後は拳志郎の子を身ごもっているような様子が描かれている。
〇霞羅門（かすみらもん）/ 榎木淳弥
拳志郎の弟（異母兄弟）。第63代北斗神拳伝承者リュウケン。若き身でありながら、拳志郎に次期伝承者を託される。
〇エリカ・アレント / 上坂すみれ
直観像記憶（一度見たものは忘れない力）により財宝のありか「希望の目録」を記憶に持つ少女。科学者である父が開発した核兵器の設計図をも記憶している。飛燕によりオランダ軍の手から救出され、上海へ移動。そこで拳志郎と出会い、インドネシアに移り住む。自らの能力を忌み嫌い拳志郎に殺してくれと懇願するも、拳志郎は全ての記憶を消す秘孔を突いて解放する。
〇葉子英（ようしえい）/ 渡辺明乃
葉の息子。父の死後は玉玲を支え、エリカを守る。緋鶴に一目惚れして告白するも、緋鶴自身が聞いていなかったために空振りに終わる。
〇流飛燕（りゅうひえん）/ 子安武人
エリカの護衛で彼女を救い出し上海まで連れてくる。病に冒されており余命がわずかであったが、エリカの人柄にひかれ命をかけて守る。ヤサカにより致命傷を負い、拳志郎に「北斗神拳は人々を幸せにする拳、復讐はするな」と言い残して死出の船出をする。
〇流緋鶴（りゅうひかく）/ 小林ゆう
飛燕の義理の妹。物盗りの孤児。飛燕の荷物を盗むが追ってきた飛燕に親代わりの男を殺される。飛燕の強さにひかれて勝手に飛燕に同行する。飛燕が拳志郎に殺されたと吹き込まれインドネシアへ渡る。しかし仇はヤサカであり、拳志郎と玉玲の生きざまにヤサカへの敵討ちよりもエリカを守ることに力を尽くす。
〇ヤサカ / 佐藤せつじ
北斗神拳を憎悪する西斗月拳の男。拳志郎に敗れるも飛燕の遺言で止めは刺されなかった。拳志郎から北斗の血を継ぐ者であることを教えられ飛燕を殺した償いに代わってエリカを守ることを誓う。ジェネシスのアジトでヒムカと戦い敗れるが、最後に崩れ落ちる天井を支えてエリカ達を逃がして果てる。文字通り命を賭けてエリカを守り抜いた。
