農林水産大臣。最初のゴジラ上陸時は外遊中、二度目の上陸時でも難を逃れ、多くの閣僚を失った立川への移管後に内閣総理大臣臨時代理に就任。おっとりとした喋り口と物腰で周囲からは総理を押しつけられたと見ていた。「こんなことで歴史に名を残したくなかったなあ」と嘆く一方、安保理の熱核攻撃案に対する臨時総理への全権委任法案を成立を急ぐよう赤坂命じ、熱核攻撃を遅らせるためにフランスと交渉目立たないながら手腕を見せた。ミッション完了後にフランス駐日大使に深々と頭を下げる姿が印象的。「コウイフモノニ ワタシハナリタイ」
◆泉修一 / 松尾諭

保守党政調副会長→内閣総理大臣臨時代理補佐官。野心家で沈着冷静。人脈も多く矢口からの依頼で、巨災対メンバーかき集めに協力。ゴジラの再上陸時は「金帰火来」東京を離れており、臨時総理補佐官に就任する。
◆森文哉 / 津田寛治

厚生労働省医政局研究開発振興課長(医系技官)。巨災対発足時に矢口事務局長の挨拶の後、「年長者として私が便宜上の仕切り役を務める」と切り出す。自ら「はぐれ者」と言い放つが、なかなかの仕切り振り。「仮面ライダー龍騎」「妖怪大戦争」「小さき勇者たち〜ガメラ〜」などなど特撮出演の多い津田寛治さん。この人、年をとりませんね。
◆尾頭ヒロミ / 市川実日子

環境省自然環境局野生生物課長補佐→同課長代理。ゴジラの最初の上陸時に官邸に呼ばれた学識者が役に立たなかったため、矢口が志村秘書官に「誰かいないか」と尋ね、「一人専門家がいます。がまだ課長補佐ですが」という条件で官邸に呼ばれた。先入観なしに野生生物の専門家として映像の解析だけでその能力の可能性を言い当てた。巨災対に参加、生態解析を担当。無表情で坦々と語る。「一匹狼」。
◆間邦夫 / 塚本晋也

国立城北大学大学院生物圏科学研究科准教授。生物科学の専門家として巨災対に参加。巨災対の中心人物としてゴジラの生態解明に貢献した。「学界の異端児」。
◆財前正夫 / 國村隼

統合幕僚長。花森防衛大臣に随伴して補佐、官邸でゴジラ攻撃の指令を出す。「ヤシオリ作戦」を立案、現場での指揮を執る。
◆牧悟郎 / 岡本喜八
写真でしか登場しないが、本作のキーパーソン。元城南大学統合生物学部分子細胞生物学教授。学会の異端児であり日本から脱して渡米。米国エネルギー省から海洋投棄された放射性廃棄物を捕食する不明海底生物の調査依頼を受けて調査研究していた。ゴジラの出現を予想していた節があり、突然帰国して行方不明となっていた。研究データの一部を意図的に消去。またプレジャーボートに意図的に慰留物を残していた。米国が消息の調査を依頼していたが、結局生死は不明のまま。最初にゴジラが出現した東京湾の現場付近で消息を絶っていることから見ても、現場に潜って死亡したというのが自然じゃないのか。