惑星アルタミットに到着したエンタープライズはいきなりクラールと名乗る男に攻撃され、クルーは拿捕され、エンタープライズは大破してアルタミットに墜落する。クラールの目的はエイリアンの兵器アブロナスの部品である遺物。拿捕を免れたカーク、スポック、マッコイ、スコット、チェコフとカラーラはクルーの救出に動き始める。
スコットはかつてクラールにとらえられていたジェイラという異星人の女性とであう。彼女が家にしていたのは行方不明になっていた宇宙艦隊のU.S.S.フランクリンNX326。カークが一旦隠した遺物はクラールの手に落ちるが、このフランクリンが終盤、クルーの奪取とクラールを倒す最後の切り札となる。
「スタートレック」シリーズの劇場版ではエンタープライズが幾度となく撃沈させられている。退役を迎えるのはテレビシリーズくらい。何ともアメリカ的というか、日本人だったらこんなシナリオ描かないと思う。人間ドラマであって船は関係ないとでも言いたげ。またも新造エンタープライズの姿が最後に見られますが。
テーマは結構重いです。カラーラはクラールの一味で最初から宇宙艦隊をだましており、ジェイラの家族を殺したマナスと共に３人とも元フランクリンのクルー。終盤クラールたちがなぜ宇宙艦隊を憎み、ヨークタウンを攻撃しようとしているかが明らかになっていく。
